Syafiq berkahwin dengan Aisyeah Zainal pada 5 April 2014 dengan sekali lafaz. Majlis perkahwinan pasangan ini diadakan di Surau Tabung Haji, Kuala Lumpur pada jam 9.50 pagi. Pasangan ini mengikat tali pertunangan pada 23 Disember 2012.[40][41] Pada Januari 2016, Syafiq dan isteri, Aisyeah telah menyambut kehadiran cahaya mata sulung mereka, iaitu anak perempuan sulung mereka yang diberi nama Nuur Jannah kira-kira jam 1:56 petang, pada Jumaat sempena Tahun Baru 2016.[42][43][44]

Pada Julai 2016, Syafiq dimasukkan ke Hospital Tawakal Kuala Lumpur selepas mengadu sakit perut dan disahkan menghidap apendiks. Bagaimanapun, beliau dibenarkan keluar daripada hospital lebih awal dan bertahan dengan pengambilan ubat buat sementara waktu, namun menangguhkan pembedahan penyakitnya demi kerja.[45][46]

Pada 4 Februari 2018, Syafiq dan Aisyeah menimang cahaya mata perempuan kedua, Nuur Nusaybah dengan berat 3.6 kilogram.[47][48] Menerusi kapsyen yang ditulis di laman Instagramnya, ia dinamakan sempena seorang pejuang Muslimah Islam pertama.[49][50][51]